Il y a bien deux espèces distinctes d'éléphants africains

L’analyse des génomes de 14 espèces d’éléphantidés actuelles et disparues a permis de retracer l’histoire génétique complexe des éléphants modernes.

Une équipe internationale a séquencé le génome de 14 spécimens d’éléphants, actuels et disparus, et de mammouths. Le résultat de ces travaux, publiés lundi dans les PNAS (Compte rendus de l’Académie des Sciences des États-Unis), dresse un tableau complexe de la lignée de ces mammifères géants et confirme l’existence de deux espèces distinctes en Afrique aujourd’hui. «Cette étude nous permet de comprendre la complexité du processus de spéciation dans le temps», commente Régis Debruyne, paléogénéticien au Muséum National d’Histoire Naturelle (MNHN) qui n’a pas participé à ces travaux.

En séquençant ces 14 génomes (dont six appartenant à des espèces vivantes), les scientifiques de cette équipe emmenée par des chercheurs de la Harvard Medical School, ont pu établir des connexions très fortes entre toutes les espèces. Les mammouths de Sibérie et les mammouths de Colomb, qui vivaient dans les plaines d’Amérique, partagent par exemple une partie de leur génome. «Quand on y regarde de plus près, il n’y a rien de très étonnant. Les deux espèces vivaient certes sur des territoires distants, mais ont très bien pu se rencontrer par le passé», analyse Régis Debruyne. Le processus de spéciation n’est pas organisé ou linéaire. En évoluant dans des environnements différents et éloignés, les différences entre les animaux s’exacerbent doucement et des espèces se créent. Mais tant que les génomes restent suffisamment proches, la reproduction est possible. La spéciation est à ce moment, en quelque sorte, réversible.

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Éléphant à défenses droites exposé au musée du Prado à Madrid. Locutus Borg

Plus encore que les mammouths, c’est la lignée de l’éléphant à «défenses droites» qui a le plus surpris les auteurs de l’étude. Ce spécimen géant de plus de quatre mètres de haut, disparu il y a 10 000 ans, vivait en Europe. Avec ses longues défenses toutes droites légèrement recourbées à leur extrémité, il serait le produit d’un mélange entre d’anciens éléphants d’Afrique, des mammouths laineux et des éléphants des forêts. Jusqu’à récemment, la forme de son crâne et la taille de ses dents, avaient amené les spécialistes à le ranger dans une catégorie plus proche de celle des éléphants d’Asie (plus petits que ses cousins africains, avec un dos plus rond et des oreilles moins grandes). «Les définitions génétique et morphologique d’une espèce peuvent diverger. Deux spécimens très différents visuellement peuvent en fait être très proches d’un point de vue génétique. Et deux animaux très ressemblants peuvent être génétiquement très éloignés!»

Les éléphants d'Asie sont souvent utilisés comme monture. Ils sont plus petits que leurs cousins d'Afrique. Les éléphants d’Asie sont souvent utilisés comme monture. Ils sont plus petits que leurs cousins d’Afrique. ANUPAM NATH/AP

Les éléphants nains retrouvés sur des îles méditerranéennes et ces éléphants à défenses droites sont par exemple les représentant d’une seule et même espèce. De plus de quatre mètres de haut, leur taille est tombée à un petit mètre quatre-vingts en seulement quelques générations. «L’analyse génétique a permis de comprendre qu’une seule espèce avait dû s’adapter. Les éléphants ne pouvaient plus survivre sur des petites îles en mesurant quatre mètres!» détaille le chercheur du MNHN.

Les éléphants d’Afrique forment deux espèces distinctes

De ces éléphants géants d’Europe aux mammouths américains et sibériens, la famille des éléphants est finalement tombée aux trois espèces que nous connaissons aujourd’hui. «Il y avait beaucoup de débats dans la communauté pour savoir si les éléphants d’Afrique ne représentaient qu’une ou deux espèces», détaille David Reich, chercheur à la Harvard Medical School qui a encadré ces travaux. «Mais nos données montrent bien que les éléphants des savanes et les éléphants des forêts forment deux espèces distinctes.» Les deux espèces ont vécu dans un isolement quasi complet bien qu’évoluant dans des environnements voisins. «Cette découverte n’est pas vraiment neuve. Ça fait quand même plusieurs années que l’on sait que si les deux espèces se croissent, leur reproduction n’est pas viable sur le long terme», tempère Régis Debruyne. «Ce qui de facto en fait deux espèces distinctes.»

Avec seulement deux génomes d’éléphants des forêts analysés, il est difficile de savoir si les comportements de ces espèces ont pu évoluer récemment et si la menace d’extinction a pu les rapprocher. «C’est un élément à prendre avec précaution dans cette étude», ajoute Régis Debruyne.

Une spéciation qui n’est pas synonyme d’extinction

Les braconneurs tuent chaque année 50.000 éléphants. Les braconneurs tuent chaque année 50.000 éléphants. SIMON MAINA/AFP

Le brassage génétique complexe mis au jour ici a sans doute permis aux mammouths et aux éléphants de survivre dans des environnements très hostiles. Plus une espèce est riche en gènes, plus ses chances de survie sont grandes. Si les éléphants d’Afrique se sont scindés en deux espèces différentes c’est d’ailleurs sans doute que les populations étaient suffisamment fortes et riches pour se différencier.

«Les populations d’éléphants seraient de plusieurs millions sur le continent si les hommes ne les avaient pas aussi consciencieusement masscacrés au début du XXe siècle!», rappelle Régis Debruyne. L’homme est en effet leur seul prédateur: chaque année, 50.000 individus sont tués, principalement pour leurs défenses. Les analyses génétiques participent désormais activement à la lutte contre ce braconnage en permettant de déterminer l’origine géographique des défenses retrouvées sur le marché noir.

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